《山海经》说“闽在海中”。随着海岸上升，处于福建海岸线中部的莆田，许多原来的岛屿，成为陆上中低山。今天距莆田市南2公里的凤凰山，又名南山，6世纪时，兴化湾的潮汐还淹到山麓，地名南湖。满山苍松翠柏，倒影波中，风景宜人。那时有因“永嘉之乱”由荥阳避地南迁的郑昭，来到福建，也来到莆田南湖，他的后裔有三位从兄弟，郑露、郑庄、郑淑，由现在的永泰县南来到莆田南山，筑室定居，志称他们兄弟“筑书堂以修儒业，作篇章以训子弟”，当时地方风俗受他们的影响，“人知向学”，因此称他们为“南湖三先生”、“倡学闽南之祖”。然而他们不仅只是传播儒家文化来莆，同时也传播佛教文化来莆。陈永定二年（年）舍其所居建金仙庵，又舍书堂建永丰庵，另构小书堂居住，后来又再把小书堂一并舍建为崇信庵。这个金仙庵、永丰庵就是今天广化寺的大雄宝殿和讲堂地。这个时间比陈光大二年（年）置莆田县还早10年。

金仙庵后升为院、为寺，到唐景云二年（年）敕名灵岩寺（后来寺额是大书法家柳公权写的），又至宋太平兴国元年（年）始敕赐名广化寺，它比置兴化军（太平兴国四年一年）也早3年，故莆谚有“未岀兴化，先出广化”的说法。

隋唐以来，住寺的多是著名高僧，黄滔（—年）撰写的《莆山灵岩寺碑铭》即记载有：（隋）无际、（唐）志彦、灵敞、无了等多人，还记载主闽的琅琊王王审知送写经五千卷入寺。宋代南山佛宇更加兴旺，计有广化、法海二寺；月峰、荐福等10院；天台、普门等庵。“檐楹相摩，殿宇层出”。这么多庵院一般都是地方大官、大族舍田建造为功德道场的，南山也就成了知名的游览区。现在的《南山志》里留下的名人题咏有，唐薛令之、周朴、宋蔡襄、方维深、郑樵、黄公度、龚茂良、方翥、朱熹、刘克庄；元洪希文；明岳正、丁镛、周瑛、黄仲昭、林俊、彭汝楠……等数百首。

唐建中年间（—年）莆田人林藻、林蕴兄弟和晋江人欧阳詹在此读书，咸通年间（—年）黄滔和陈蔚、黄楷、欧阳碣也在此读书十年。宋绍兴十一年（年）起，兴化军借此地庵院为考试进士的考场，据陈俊卿写的《宋兴化军贡院记》，当时莆田、仙游、兴化三县举子有六千多人，在广化寺试场考了12科，至淳熙元年（年）止，经考送到京廷试、第进士榜的计人（莆田93人、仙游29人、兴化16人，包括状元郑侨）。绍兴八年（1年）状元莆田人黄公度当时就写有《松峰庵即席示同年》和《庚午观进士入试》等三首诗，墨迹在普门庵壁上，到明代犹存。

明弘治十四年至十六年（-年）兴化知府陈效聘周瑛、黄仲昭于广化寺开局修纂《兴化府志》，为流传至今的一部著名地方志。